お使いになって要望に沿うようでしたら、是非お使い下さい。

また大変便利なプラグインをご提供くださり、
ありがとうございます。

普通に動いていたのでエラーチェックを怠っていました。あぁ、お恥ずかしい！

現在、修正したものをアップロードしましたのでお手数ですが、もう一度ダウンロードして差し替えてみてください。

ご指摘ありがとうございました。

当プラグインの使用をご検討いただき、ありがとうございます。

> 選択カテゴリ毎にカスタムフィールドテンプレートの自動展開されるプラグインなのですが、

との事ですので、その辺りでの不具合なんでしょうね。
拙作は表示される直前の（カテゴリ）データを書き換えているので、その時点で「Custom Field Template」の書いたデータを消しているのだろうと推測します。

一応調べてみた上で、対応策があればお伝えします。ダメそうな場合は…申し訳ありません。

「Custom Field Template」を使用し、いくつかのカスタムフィールドのテンプレートを設置しています。
選択カテゴリ毎にカスタムフィールドテンプレートの自動展開されるプラグインなのですが、こちらの「Category Limitation」と併用した場合、テンプレートの自動展開が働かず、選択用のドロップダウンリストも表示されません。

■wordpress2.9
■Custom Field Template1.5.7
■Category Limitation1.0

他のプラグインをOFFにしたりONにしたりして検証したところ、「Category Limitation」をONにした場合のみ再現されます。

こちら、ご検討いただけますでしょうか。

さて、お尋ねの件ですが恐らくアクションフックを利用すれば出来そうな気がします。

が、ちょっと本業の方が忙しくてなかなか手が取れておりません。もしこちら待ちというのであればのんびりとお待ちいただければ、と思います。

※個人的には「指定されたカテゴリー内でのみ新規カテゴリーを追加できるようにする」機能の方が重要（というか需要がありそう）だと思いますので、その後になります。

すぐにご期待に沿えず申し訳ありません…。

カテゴリーが1つの時はチェック有り、複数の時はチェック無し…素晴らしいです。
本当にありがとうございました！

さて、ご質問の件ですが、予めチェックを外す方法は簡単です。

プラグインディレクトリの中にある「wp-category-limitation.php」を開いていただき、101行目の以下の箇所、

if(ereg(“post-new.php”, $_SERVER["PHP_SELF"]) || (count($limitid) == 1)) {

の「 || 」を「 && 」に変更すれば、限定するカテゴリが一つの時のみにチェックが入るようになります。（複数のカテゴリの場合はチェックが入りません。）

ただし一点ほど気を付けていただきたいのは、更新時（公開時）にカテゴリのチェックを忘れている場合はWordPressで設定されてあるデフォルトカテゴリに投稿されてしまいます。

「更新（公開）時にデータをハックして云々」というレベルまで私の技術が無いので、お許し下さい。